SNP分型
SNP是英文Single Nucleotide Polymorphism的缩写,中文翻译成“单核苷酸多态性”,即指在基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,包括单碱基的转换、颠换和插入/缺失等。
SNP是基因组DNA序列中最常见的变异形式,最大程度地代表了 不同个体之间的遗传差异,被认为是应用前景最好的遗传标记物。对它的研究将帮助我们在疾病相关基因定位,认识人种、人群、个体间的遗传差异,研究基因组结 构,研究疾病或耐药性与个体差异的关系,药物开发,临床诊断和辅助治疗,法医科学,农业资源开发,微生物株系鉴定等领域都有重要的应用。
下面我们列举了近年来SNP在一些生物领域的应用的文献,以供参考:
SNP与疾病分子诊断:
[1] CASP8基因启动子中一个6bp的插入/缺失多态性与不同癌症的易感性有关 Sun T, Gao Y, Tan W, et al. A six-nucleotide insertion-deletion polymorphism in the CASP8 promoter is associated with susceptibility to multiple cancers. Nat Genet. 2008, 40:259-60.
[2] 白介素-4受体基因的多态性与恶 性胶质瘤患者的存活率有关系 Scheurer ME, Amirian E, Cao Y, et al. Polymorphisms in the interleukin-4 receptor gene are associated with better survival in patients with glioblastoma. Clin Cancer Res. 2008, 14:6640-6.
[3] 用SNP标记高通量研究肺癌中3号染色体短臂的杂合度 丢失 Tai AL, Mak W, Ng PK, et al. High-throughput Loss-of-Heterozygosity Study of Chromosome 3p in Lung Cancer Using Single-Nucleotide Polymorphism Markers. Cancer Res. 2006, 66:4133-8.
SNP与动物分子遗传育种:
[4]利用SNP对猪的品种与血统进行 鉴定 Rohrer GA, Freking BA, Nonneman D. Single nucleotide polymorphisms for pig identification and parentage exclusion. Anim Genet. 2007, 38:253-8.
[5] CAPN1基因上的一个SNP位点与韩国牛肉的品质相关 Cheong HS, Yoon DH, Park BL, et al. A single nucleotide polymorphism in CAPN1 associated with marbling score in Korean cattle. BMC Genet. 2008, 9:33.
SNP与植物分子遗传育种:
[6] SNP位点与水稻驯化过程中落粒性丢失相关:Konishi S, Izawa T, Lin SY, et al. An SNP Caused Loss of Seed Shattering During Rice Domestication. Science, 2006, 312:1392-6
SNP与群体遗传学:
[7]人类基因组中的高分 辨率单体型图结构 Mark JD, John DR, Stephen FS, et al. High-resolution haplotype structure in the human genome. Nat Genet. 2001, 29:229-32.
[8] Y-染色体血统近期在中国北方及蒙古的扩展 Xue Y, Zerjal T, Bao W, et al. Recent spread of a Y-chromosomal lineage in northern China and Mongolia. AJHG. 2005, 77:1112-6.
SNP与新药筛选:
[9] beta 2-肾上腺受体启动子及编码区复杂的单体型结构改变受体的表达并预测在体内的反应 Drysdale CM, McGraw DW, Stack CB, et al. Complex promoter and coding region beta 2-adrenergic receptor haplotypes alter receptor expression and predict in vivo responsiveness. PNAS, 2000, 97:10483-8.
技术优势
n 准确:质谱仪直接检测分子的本质特征之一—分子量,不需要通过荧光标记来进行间接检测;
n 灵敏:可检测低至10ng的核酸片段;
n 通量高:以384孔 板的形式进行反应,每个反应孔内最高可检测18个位点,2周最高可完成7万个反应;
n 使用普通合成的引物,不带任何标记,也无需在国外定制,即加 快了课题的进度,也降低了实验费用;
n 每个反应孔仅需10ul DNA(10ng/ul),特别适合于稀少样本;
n 污染小:一管式操作,反应体系在实验时始终在一个试管内。 |