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标题:NCBI大、小鼠、斑马鱼、果蝇等物种基因组数据库介绍

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NCBI大、小鼠、斑马鱼、果蝇等物种基因组数据库介绍
大鼠基因组
• 大鼠UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以 cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载
• 位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列 accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前 包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。
小鼠基因组
• 小鼠基因组资源向导 — 把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起,包括序列,图谱,和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。
• 小鼠基因组测序 — 小鼠基因组计划的测序进展,HTG序列contigs(可以用大小和染色体号来浏览)由测序中心的数据建立,可以contig或染色体的形式来下载。
• 小鼠UniGene — 被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以 cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载
• 位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列 accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前 包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。
• Entrez —包括了来自〉70000个物种的序列数据,可以用物种字段来限制记录只在小鼠搜索。
• 人类/小鼠同源图 —University of California at Davis的M. F. Seldin建立,一张比较人和老鼠在同源区段DNA上基因的表,按在每个基因组上的位置排列。

斑马鱼基因组
• 斑马鱼UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以 cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载
• 位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列 accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前 包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。

果蝇基因组
• 黑腹果蝇主页 — 提供所有可使用的果蝇资源的概要,用图形的方式显示了染色体,允许你通过Entrez基因组浏览器的方法来搜索整个基因组的细胞遗传和序列信息。 Entrez基因组提供了对于一个物种一致的遗传,物理,和序列数据的图形界面。当你用一个基因的代号来搜索时,它给出搜索结果的一个图形的基因组视图, 从那你可以放大到你所感兴趣的区域的更详细的图谱视图,并且链接到序列数据和包含更多信息的相关资源。
• 黑腹果蝇基因组测序的状态 —描述了目前在GenBank,Entrez Genomes,和FTP站点中的数据的范围
• Entrez图谱浏览器 — 整合的染色体图谱—图谱浏览器是Entrez基因组的一个软件组成部分,用来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相align过的图谱,以及用相同序列 进行比较过的序列图谱。在人类基因组数据和搜索技巧文件中有关于目前可以使用的果蝇的序列和细胞遗传学图谱。Entrez图谱浏览器的帮助文件提供了关于 如何使用这个工具的一般说明。
• 位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列 accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前 包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。

线虫基因组
• Entrez基因组 — 染色体的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。

酵母基因组
• Entrez基因组 — 染色体的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。
• COGs — 相邻类的聚簇 — 来自于完整基因组的基因家族自然系统。COGs用比较21种完整的基因组的编码的蛋白序列描绘了17个主要的种系发生系统。每个COG包含至少来自3个世系的独立蛋白或蛋白家族的相邻体,所以对应了一个古老的保守domain。

疟原虫基因组
• 疟原虫遗传学和基因组 — 提供与疟原虫遗传学和基因相关的数据和信息。资源包括物种特异的序列BLAST数据库(恶性疟原虫,所有疟原虫,以及弓形虫),基因组图谱,连锁标记,以及遗传学研究信息。链接到其他的疟原虫网站和相关的寄生虫遗传学数据库包括弓形虫。

• Entrez基因组 — 恶性疟原虫的染色体全长的图形视图,完整的染色体序列数据(2和3),链接到正在进行的染色体的分离数据表(来自于HB3 X Dd2杂交的染色体),链接到其他基因组测序中心。

• FTP站点 (pub/Malaria目录)— 用于查找在DNA序列中STS的电子PCR疟原虫版。

• FTP站点 (genbank/genomes 目录) — 下载各种格式的完整的染色体序列数据(2和3),包括GenBank的flat file (*.gbk),GenBank的概要文件(*.gbs),FASTA核酸文件(*.fna),FASTA氨基酸文件(*.faa),蛋白表(*.ptt)和其他。

细菌基因组
• Entrez基因组 — 完整细菌基因组的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个细菌都提供了一个编码区域的概要和TaxTable。
• 微生物基因组测序计划 — 完成的和正在进行的测序计划,链接到NCBI的图形视图和测序中心。
• COGs — 相邻类的聚簇 — 来自于完整基因组的基因家族自然系统。COGs用比较21种完整的基因组的编码的蛋白序列描绘了17个主要的种系发生系统。每个COG包含至少来自3个世系的独立蛋白或蛋白家族的相邻体,所以对应了一个古老的保守domain。
• FTP站点— 下载各种格式的完整的细菌染色体序列数据,包括GenBank的flat file (*.gbk),GenBank的概要文件(*.gbs),FASTA核酸文件(*.fna),FASTA氨基酸文件(*.faa),蛋白表(*.ptt)和其他。
• 微生物基因组BLAST数据库 — 与完成的和未完成的微生物基因组进行BLAST。
病毒基因组
• Entrez基因组 — 完整病毒基因组的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个病毒都提供了一个编码区域的概要。
• 反转病毒资源 — 收集了一批资源用于特别支持反转病毒的研究。资源包括,一个基因型工具用BLAST算法来确定一个查询序列的基因型,一个对齐工具(alignment) 用于多个序列的通用对齐,一个HIV-1自动序列注解工具,以及16种反转病毒的可以在GenBank,FASTA和图形方式来查看的注解图谱及链接到其 他相关序列纪录。

疫苗基因组
• Entrez基因组 — 完整疫苗基因组的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个疫苗都提供了一个编码区域的概要。
质粒
• Entrez基因组 — 完整质粒的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个质粒都提供了一个编码区域的概要。

真核细胞器
• 真核细胞器主页 — 提供真核细胞器的概述,关于细胞器参考序列计划的描述,以及链接到以分类等级和以物种字母顺序排列的完整测序的细胞器列表,链接到后生动物线粒体的基因和RNA,以及相关的网站。
• Entrez基因组 — 完整真核细胞器的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个真核细胞器都提供了一个编码区域的概要。

 

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