Welcome, 
Our resources, Your power    
资讯提要RSS
  

  454 GX System

454 GS测序系统的优点


数据高效获取 10小时内可得到超过1000000条的序列,平均读长高达450bp!
极大的拓展研究思路 大量的高读长的序列,为研究者提供更广阔的思路!
经济 获取等量数据,比传统方法的花费大大降低
454 Titanium系统,可以帮助您:
★获取各个物种的基因组序列草图
★大规模PCR扩增产物测序
★寻找基因组中,Sanger测序法不能发现的稀有突变
★开放阅读框(ORF)的鉴定,不同生物间的同源性分析,基因组结构概况分析
★鉴定不同菌株的保守区域,突变热点和基因插入或者缺失,了解药物抗性的遗传基础
★识别微生物产生的药物前体有关的基因或者途径,比较致病性和非致病性微生物的区别作为发展抗微生物药物的遗传学基础
★进行病毒基因组、microRNA、SAGE文库、cDNA文库和BAC文库的测序

GS FLX 高通量测序技术优点

  • 单一读长达到平均450 bp
  • 通量更高,每个反应可以得到超过40万个序列读长
  • 读长超过200 bp时,单一读长的准确性可以超过99.5%
  • 结果一致性大于99.99%

GS FLX系统的测序原理是基于焦磷酸测序法,依靠生物发光对DNA序列进行检测。在DNA聚合酶,ATP硫酸化酶,荧光素酶和双磷酸酶的协同作用下,GS FLX系统将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号释放偶联起来。通过检测荧光信号释放的有无和强度,就可以达到实时测定DNA序列的目的。此技术不需要荧光标记的引物或核酸探针,也不需要进行电泳;具有分析结果快速、准确、高灵敏度和高自动化的特点。

 

服务内容

  • De novo基因组测序
  • 转录组测序
  • 全基因组或基因组区域重测序
  • 扩增产物重测序
  • 宏基因组测序

数据分析
(1)基本信息分析:图像识别、basecalling、过滤接头序列、检测可能的样品污染。
(2)高级信息分析
A 基因组注释:包括基因组组分分析、基因预测、重复序列注释等。
B 基因的功能注释及分类: 通过比对软件(Blast系列软件包)与公共数据中序列做同源性联配,在保证严格置信度标准前提下对基因进行功能注释

 

 

操作流程

GS FLX系统减少了传统测序样品制备过程中对大型自动站的依赖,完全不需要进行繁琐的建库过程,也不必进行克隆挑取、微孔板处理等工作,而是利用创新的磁珠和emPCR技术进行样品制备,同时提供完整的后续生物信息学分析解决方案。

1. 样品种类:GS FLX系统支持各种不同来源的样品序列测定,包括基因组DNA,PCR产物,BACs,cDNA及小分子RNA等,不同类型的样品测序都可在一台仪器上完成。

2. 样品DNA打断:样品如基因组DNA或BAC等被打断成300到800bp的片段;对于小分子的非编码RNA,这一步骤并不需要。短的PCR产物则可利用GS融合引物扩增后直接进行步骤4。

3. 加接头:借助一系列标准的分子生物学技术,将3′端和5′端有特异性的A和B接头连接到DNA片段上。接头也将在后继的纯化,扩增和测序步骤中用到。图中仅仅显示了后续步骤中要用到的单链的DNA片段。

4. 一条DNA片段=一个磁珠:接头使成百上千条DNA片段分别结合到一个磁珠上,磁珠被单个油水混合小滴包被后,在这个小滴里进行独立的扩增,而没有其他的竞争性或者污染性序列的影响,从而实现了所有DNA片段进行平行扩增(emPCR)。

5. 一个磁珠=一条读长:经过emPCR扩增后,每个磁珠上的DNA片段拥有了成千上万个相同的拷贝。经过富集以后,这些片段仍然和磁珠结合在一起,随后就可以放入到Pico Titer Plate板中供后继测序使用了。

. 数据读取和分析工具:GS FLX 系统提供三种不同的生物信息学工具对测序数据进行分析,适用于不同的应用。例如多达3Gb序列的重测序,对比已知参考序列进行的扩增产物差异分析及120Mb的从头测序工作等。

   
     
 Copyright@2009|Powered by YesLab|版权所有|网站使用条款和隐私声明|联系我们|SEARCH|SITEMAP|ICP09048685