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Nimblegen基因芯片平台

 

罗氏NimbleGen以独有的DNA芯片专利技术开创了高精度芯片纪元,为芯片研究提供优质整合解决方案,成为芯片、耗材、仪器和服务领域的领军者、生产者和供应者。罗氏NimbleGen是目前唯一一家集长寡核苷酸探针 (-85mr)、超高密度(-4.2M)和高度灵活性于一体的芯片技术平台,为科研人员对基因组及表观基因组结构和功能多样性提供更多信息内容和更高数据 质量,并为科研人员提取及整合以往难以获取的重要复杂数据提供了低成本、高通量的研究工具。罗氏NimbleGen独家专利的无膜芯片合成技术 (Maskless Assay Synthesis MAS)是芯片制作的一大飞跃,其通过数字光处理及快速高效的光化学,在灵活获得高密度长寡核苷酸芯片的同时,使基因芯片制作从数个月缩短到数小时,为客 户带来高效芯片的设计、高重复性的芯片制作和高可信度的统计结果。客户可根据需求选择订购目录基因芯片、自定义设计的芯片、配套仪器及专业芯片服务等。

罗氏NimbleGen致力于提供全套完善的解决方案,以帮助您获得最佳芯片研究结果。无论何时,罗氏NimbleGen都会为您提供最专业的技术支持和最直接的指导服务,以满足您在工作流程中的每一步所需。

优化的NimbleGen芯片
经优化的NimbleGen芯片配套试剂盒、仪器和软件,实现从样本制备到数据分析的一体化芯片处理,为芯片研究提供完善的解决方案。

灵活的实验设计
从目录产品到定制设计,NimbleGen芯片使您能够灵活地设计实验。此外罗氏NimbleGen的配套试剂盒、相关配件和仪器提供从低到高的不同通量,以便完全支持您的实验。

借助整合的工作流程,简化您的研究工作
NimbleGen齐全的产品线均来自于同一优质供应商,以助您在芯片工作流程中获得高效产出。

广阔的应用范围
从染色体变异、序列捕获、表观遗传、基因表达,NimbleGen芯片系统平台能够满足您系统的研究需求。

NimbleGen公司芯片制作采用无膜芯片合成技术,可以合成长达85个碱基的寡核苷酸片段,在一张标准大小的芯片上可以合成高达210万个寡核 苷酸探针。NimbleGen在表达谱、甲基化、aCGH平台方面推出了多个物种检测芯片,是目前CGH产品线最完善的分析平台。既有针对多个物种全基因 组DNA拷贝数变异进行检测的芯片,也有针对人类某几个染色体进行分析的芯片,还可针对客户感兴趣的染色体或基因组区域灵活设计芯片。

Nimblegen 芯片技术特点

  • 芯片兼备高密度和长探针优势:单张芯片探针密度最高可达2.1M,高分辨率有利于发现更微小的拷贝数变化;探针长度高达85mer,有利于提高探针信号强度和灵敏度;探针长度可变有利于Tm值优化,保证杂交结果稳定性。
  • 多种芯片格式,可以实现多个样本通量检测:12x135K、3x720K、2.1M、4x72K等多种芯片格式,可以独立杂交1至12个样本,有效降低芯片成本。
  • 丰富的芯片产品多个物种全基因组表达谱、CGH分析的目录芯片,是目前市面CGH产品最完善的分析平台。
  • 定制灵活性强:采用无膜的芯片生产方式,可最大限度地根据客户指定序列或数据库版本灵活制备芯片,满足客户多方面需求。

 

NimbleGen系列基因芯片服务

  • 原核生物基因组表达芯片
  • 真核生物基因组表达芯片
  • 比较基因组杂交芯片(CGH)
  • 染色质免疫沉淀芯片(ChIP-on-Chip)
  • 全基因组甲基化芯片
甲基化芯片

罗氏NimbleGen为基因组及表观遗传学研究提供高灵敏度、高特异性的DNA甲基化芯片研究方案。以鉴定DNA甲基化首选 的亲和作用原理富集甲基化DNA片段,如甲基化DNA免疫沉淀(MeDIP)或甲基化结合域(Methyl Binding Domain)蛋白方法,NimbleGen DNA甲基化芯片提供了高重复性可靠的启动子及基因DNA甲基化的检测方法,并为比较不同细胞、组织、肿瘤等样本中的的甲基化差异性提供技术平台。

NimbleGen DNA甲基化芯片优势
高密度长寡核苷酸平台,提供更强的检测灵敏度

全套芯片设计,满足您所有需求
从全基因组叠片、目标叠片、增强子、CpG岛与增强子,或自定义芯片设计中,选择最能满足您科研需求平台,2.1M(210,000个探 针),3x720K(3x72,000个探针),385K(385,000个探针),或4x72K(4x72,000个探针)任您选 择;NimbleGen芯片技术固有的灵活性,可叠片式覆盖目前大部分基因组结构;

精选对照区域,作为有效内参
CpG与增强子的芯片包含了印记基因(如H19/IGF2)和深度甲基化的HoxA基因群,可作为阳性对照区域来
验证实验结果。选择基因组中non-CpG区域作为阴性对照,确保实验有效性。

高分辨率叠片覆盖,高分辨率检测结合位点
2.1M或3x720K探针形式的高密度芯片以高分辨率叠片式覆盖您的基因组,增加了鉴别甲基化DNA区域的准
确性;使用标准的100bp间距,或自定义芯片设计,以增加分辨率或基因组的覆盖度。

高灵敏度和高特异性提供了非平行性结果
结合我们严谨的杂交实验方案,利用我们的等温(Tm=76°C)长寡核苷酸探针(50-75mer),可获得高灵
敏度和高特异性结果;使用我们的双色实验方案,对进行杂交的免疫沉淀样本和总DNA样本同时进行分析。可消除不同芯片的批间差异;每500bp片段内能够可靠地检测到2个甲基CpG。



NimbleGen DNA甲基化芯片的产品种类与设计特性
罗氏NimbleGen目前提供4种规格的DNA甲基化芯片:分别为含有2,100,000个探针,(2.1M)、3x720,000个探针 (3x720K)、385,000个探针(385K)的芯片和含有4x72,000个探针(4x72K)的芯片。同时提供全基因组范围、启动子及CpG岛 区域、指定区域的目录芯片产品,以及随您所需的定制产品。

全基因组设计

NimbleGen 基因芯片能够以100bp或更小的平均探针间距,覆盖目标基因组相关区域。您可订购整套基因组芯片,也可单独订购一种基因组芯片,目前可提供人类、小鼠、大鼠、拟南芥四个物种的全基因组甲基化芯片产品,其它种属的基因组芯片也即将陆续添加。

启动子区域设计

■ 2.1M 格式Deluxe 高密度启动子区域甲基化芯片

目前可提供人类、小鼠相应产品。两个物种均已推出二代产品,详见下表。

■ 3x720K 芯片格式CpG 岛& RefSeq明确基因启动子区域甲基化芯片产品

单一芯片设计覆盖了所有UCSC注释的CpG岛和所有RefSeq数据库基因的启动子区域。针对小CpG岛,覆盖范围向两端延 伸达到700bp从而提高了检测的可靠性。DNA甲基化阳性对照区域,例如HoxA、H19/IGF2、KCNQ1和IGF2R等基因簇也同样包含在芯片 上。目前可提供人类、小鼠、大鼠相应产品。

■ 385K Two-Array Sets
两张芯片构成的芯片组包含所有明确基因的剪切变异和选择性转录起始位点。该芯片组能够全面有效地对基因组范围内包括RefSeq基因,Mammalian Gene Collection和UCSC已知基因在内的转录调控元件进行图谱绘制,从而实现最全面的转录子覆盖。目前已推出人 (4.7kb)、小鼠(4.4kb)、大鼠(6kb)及拟南芥(6.3kb)的启动子区域产品。

■ 385K 格式启动子& CpG岛区域甲基化芯片产品(Promoter Plus CpG Island Arrays)
单张芯片即可覆盖UCSC数据库注释的 CpG 岛及RefSeq基因的启动子区域,并将HoxA gene cluster, H19/IGF2 cluster,KCNQ1 cluster, and the IGF2R gene设为内参检测区域。目前该设计可提供的物种有人类、大鼠、小鼠。

■ 385K格式 RefSeq基因启动子区域甲基化芯片产品
目前该设计提供物种有人类、小鼠、大鼠。

■ 385K格式 RefSeq XM基因启动子区域甲基化芯片
单一芯片,覆盖NCBI’s Genome Annotation Project 的RefSeq数据库模式参考序列(带XM前缀的)的启动子区域。目前该设计提供物种有人类和小鼠。

特定区域设计

■ 385K Targeted Tiling Arrays
以5bp为间距依次叠加探针设计的特定区域甲基化芯片,采用385K格式制作
  • 针对HoxA, HoxB, HoxC, HoxD, β-globin and Xist基因叠加设计探针
  • 针对人类基因组Encode区域进行叠加设计的甲基化芯片,采用385K格式制作
  • 针对犬类基因组Encode区域进行叠加设计的甲基化芯片,采用385K格式制作
  • 人类非编码RNA启动子甲基化芯片

覆盖462个miRNA、362个snoRNA、89个piRNA基因簇与部分的ENCODE区域和管家基因非编码RNA启动子的甲基化芯片

■ 4x72K 人类ENCODE叠片式甲基化芯片
每张4x72K芯片能够同时对4份独立样品进行检测,为大批量样品的DNA甲基化样本质量的预先鉴定,或者对感兴趣区域的筛选试验提供了更高通量、更低费 用的解决方案。覆盖了具有重要生物学意义的人ENCODE引导区域(HoxA、β-globin、Apo等)。

定制甲基化芯片 Custom Arrays

利用与NimbleGen 2.1M、3×720K、385K和4x72K格式芯片,对任何已测序基因组,以您指定的探针密度为您感兴趣的区域定制甲基化芯片。

NimbleGen DNA甲基化芯片性能数据

灵敏检出甲基化发生的基因区域
通过MeDIP实验对卵巢畸胎瘤(仅母体发生甲基化)与完全性葡萄胎(仅父体甲基化)两种细胞系进行甲基化区域的基因组富集,之后采用人类2.1M Deluxe启动子甲基化芯片和全基因组10片套装甲基化芯片进行杂交。无论是全基因组芯片还是启动子芯片均可灵敏检出发生甲基化的区域;两种芯片针对同 一样本的检测结果有很好的一致性。

图3:使用人类2.1M Deluxe启动子甲基化芯片和全基因组10片套装甲基化芯片检出19号染色体上ZIM2和PEG3基因的启动子区域及基因细部。
OT and CHM MeDIP 样本由 Dr. Andrew Sharp, University ofGeneva, Geneva, Switzerland.馈赠。

高可重复性的数据获得
组内或组间的实验可重复性对于基于芯片技术的甲基化研究至关重要。为了评估重复性指标,用同一种芯片(3x720K)杂交了5个相同的样本,来看组内的重 复性,结果如 (Table 1, A). 来自12张芯片的平均标准偏差(CV).组间即芯片间的CV取自18张芯片的结果,见表格 (Table 1,B). 较低的CV证明了NimbleGen甲基化芯片较高的可重复性。

Table 1: 3x720K格式的甲基化芯片的芯片内及芯片间可重复性比较。
以正常男性基因组样本经MeDIP方法富集获得甲基化区域与芯片杂交所得
结果进行重复性评估。

 

 
   


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