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Epigenetics

Sequencing

 

 

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation),是一类通过将与特定蛋白质与其结合DNA序列共同沉淀下来研究其相互作用的 方法,这一方法和测序技术结合起来,可以研究转录因子在基因组上的结合区域、特异性修饰的组蛋白位点以及其他DNA结合蛋白的基因组 特异结合位点等表观遗传性学问题。ChIP-Seq技术是在ChIP-on-Chip的基础上发展来的,相对于ChIP-on-Chip来说,ChIP-Seq有很多优 势:更高的通量;更低廉的价格;双通道ChIP-Seq可以弥补单通道带来的GC偏向问题,产生更加可靠的数据。

数据分析项目
一.数据基本质量分析

基于不同的技术平台,所需要的分析方法不尽相同。对于一般的单通道测序,我们进行序列长度统计、丰度统计、定位百分比(mapping coverage)统计等等,通过随机mapping,我们可以对数据质量进行估计。对于有Input lane的双通道测序,我们会进行横向的对比以得到更准确的结果。
二.峰值的定位
对于不同的数据质量,可以选择相对合适的mapping方法,包括允许不同的mismatch数目等等以得到比较可靠的数据。然后基于这些定位到基因组上的序列和其丰度,找到那些有统计学意义的位点峰值(peak calling)

三.Binding motif分析
一般的DNA结合因子都是特异性的,有特定的结合基序,对于检测到的峰值序列,我们进行DNA binding motif分析,以期验证或者得到新的DNA结合因子binding motif。

四.和annotation library的分析对比
Peak calling在基因组中的位置在已知注释信息中的分布可以显示DNA结合蛋白的结合偏好性,我们会给出基于不同注释库的分布信息。
五.基因本体学分析(Gene Ontology Analysis)
对于特定的转录因子,其DNA结合位点的下游转录基因在特定试验条件下可能会行使相似的功能,GO分析会找出富集的那些可能的功能。

MeDIP(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing )是通过使用5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段,该过程称为甲基化DNA 免疫共沉淀(MeDIP), 经MeDIP 富集的DNA 片段用Cy3 标记, 未被MeDIP富集的DNA 片段用Cy5 标记,接着把这些DNA片段直接测序,即MeDIP Sequencing。这种方法能同时检测整个基因组和特定位点的甲基化状态,从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。

数据分析项目:
一.测序质量分析

对测序所得结果进行初步分析,包括序列reads数目、序列长度分布、可以定位到基因组的序列百分比、覆盖度、数据质量优劣等等重要信息。
二。 全基因组甲基化数据分布趋势分析
分析各条染色体中甲基化水平, 统计不同基因区域内的甲基化水平
三。 全基因组DNA 甲基化图谱
统计 染色体水平的甲基化C碱基的密度分布以及不同基因组区域的甲基化分布特征。

 

产品列表

甲基化测序数据分析Illumina Solexa HiSeq2000, Genome AnalyzerIIx, ABI SOLID4, Roche 454 Illumina

甲基化测序数据分析Illumina Solexa HiSeq2000, Genome AnalyzerIIx, ABI SOLID4, Roche 454


甲基化测序, Illumina Solexa HiSeq2000 Illumina

甲基化测序, Illumina Solexa HiSeq2000, Genome AnalyzerIIx, ABI SOLID4, Roche 454


甲基化测序, ROCHE 454 ROCHE

甲基化测序, Illumina Solexa HiSeq2000, Genome AnalyzerIIx, ABI SOLID4, Roche 454


甲基化测序, ABI SOLID4 ABI

甲基化测序, Illumina Solexa HiSeq2000, Genome AnalyzerIIx, ABI SOLID4, Roche 454


 

 

 

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