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小RNA测序

Small RNA是生物体内一类重要的调控因子,长度范围一般在20-30bp,主要包括:microRNA,siRNA,piRNA等。它们以通过沉默和降解其靶点基因分子的方式控制基因表达,在生物体正常生长发育和疾病发生过程中起着不可忽视的调控作用。新一代测序技术提供一套全新独特的,适用于各个物种的小RNA深度鉴定与定量分析的研究平台。通过深度的测序,可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱,推进了在功能上对小RNA研究。

信息分析内容
1) 数据产出统计
2) 去除低质量、污染及接头后的序列长度分布统计
3) 不同样本间的序列情况统计
4) 细胞中Non-Coding RNA的识别,包括:rRNA, tRNA, snoRNA, etc (Sanger Rfam Database)
5) Known microRNA的检测(Sanger miRbase)
6) Novel microRNA的预测
7) MicroRNA保守/同源性结构分析
8) MicroRNA表达图谱建立以及差异性检测
9) 靶基因预测,以及靶基因的功能注释,代谢途径Kegg,Gene Onlotogy(GO)
10) Endo-siRNA, 需要物种有很强的基因组和转录组数据,包括来自TE的siRNA和nature antisense transcrits(NAT)的siRNA

样本要求:
样品浓度:总RNA样品浓度不低于750ng/ul,总量不低于20ug,提取总RNA时请避免使用过柱法;Small RNA 样品浓度不低于2ng/ul,且Small RNA:Total RNA≥0.3%。
样品纯度:总RNA样品OD值在1.8-2.2之间,制备样品时请不要使用LiCl沉淀。建议在条件允许情况下,提供可供两次样品制备的量,以保证测序的按时进行。
样本的保存:样品请置于1.5 ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管。
样品运输:使用足量的干冰运输(建议尽量选用较大块的干冰,大块的干冰挥发较慢),并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。

 

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