首先，在illumina寡核苷酸合成工厂里生产海量的核苷酸探针，这些探针经严格的质控和微珠相连，每个微珠上连接有近百万相同的探针，这些微珠非常之小，直径约为3微米。
其次，Illumina把这些微珠混合，形成一个“微珠池”。Illumina用光纤做为微珠载体，每根光纤顶端蚀刻有一个小“坑”，刚好能放入一个微珠。五万根光纤组成一个光纤束，即成为一个芯片。
与其他技术不同的是在芯片制作过程中，每个微珠装在什么位置并不重要，Illumina让微珠在光纤上“自行组装”，微珠随机进入光纤。 随后Illumina采用了一种创造性的“解码”过程。当微珠进入光纤后，激光会扫描光纤束，每个微珠末端都带有一端特殊的“地址序列”，这个序列会被解 读。最后，所有微珠的芯片存储在光盘里，与芯片一起送交用户。凭借这项技术，Illumina 的产品具有惊人的分析能力，可以在每平方厘米的面积里提供400万个点的信息。

微珠芯片技术特点:

• 100%质量控制: 在芯片专利的解码过程中，我们对每个芯片上的每个微珠的每个特性进行检测质控，而非传统芯片的抽检。
• 高重复性: 每个微珠（代表的每种检测信息）在每个芯片有> 20倍的重复。
• 高度灵活性: 不同的应用可简便地通过合成新的“微珠池”完成。

SNP（单核苷酸多态性）分析是目前研究基因功能，寻找与疾病相关的基因及其突变位点，以及进行遗传连锁分析的一种重要的分析手段。

Illumina Genotyping芯片平台是高通量的，可用于全基因组或基因组区域以及用户定制的SNP分析平台。该平台检测质量可靠，平均每SNP位点的价格便宜， 为业界所广泛认可。Illumina Genotyping芯片平台具有Infinium和GoldenGate两大系列产品，均可提供标准的和用户定制的芯片。其标准产品可用于人、小鼠和大 鼠的SNP分析。

Infinium芯片的工作原理：

Infinium检测无需PCR，不受内切酶的位点限制，在单管反应中得到高得率和精确度的实验数据。
Illumina Infinium基因分型技术包括全基因组SNP芯片和iSelect自定义全基因组SNP芯片。

标签SNP（tag snp）策略：

一个染色体区域可以有很多SNP位点，能代表其他位点信息的SNP位点称为标签SNP ;用少数几个标签SNPs，就能够提供该区域内大多数的遗传多态模式。利于标签SNP可极大提供关联分析的有效性。

Illumina全基因组SNP芯片采用标签SNP的策略，相比采用随机选择SNP位点的策略，可以通过更少的SNP位点达到更强的统计学效果。