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----侦测染色体片段微缺失与微扩增的芯片工具--- CytoArray
CytoOneArray® 是侦测染色体片段微缺失与微扩增的芯片工具,针对具有临床证据支持之疾病区域设计,共有 264 个疾病与 41 个次端粒区域。具下列特色:
  • 专注于发展迟缓的疾病区域
  • 排除常见的染色体拷贝数变异区域
  • 提供疾病区域的参考文献
  • 极佳的辨识、灵敏与一致性

CytoOneArray® 探针内容
探针设计数据库 UCSC hg19
疾病区域 264
次端粒区域 41
探针分辨率 10Kb-2Mb
控制探针数 525
总探针数 26,217


探针设计

CytoOneArray® 是参考国际公认之 UCSChg19 基因体数据库, 设计长链 57-63 个碱基寡核酸 (sense-strand) 的人类染色体探针,内容以特定疾病区域为主,探针的分辨率达 10-30 Kb;非特定疾病区域则排除常见之拷贝数变异区段,设计 2Mb 分辨率的探针,目的在于保留大片段变异侦测能力与减少无法厘清之信息。

疾病清单

Disease List A to Z (下载) Disease List chromosome order(下载)

控制探针
为确保芯片数据质量,经过一连串的测试及验证,设计一系列的质量控制探针,以监控完整的芯片实验步骤,包含阳性与阴性控制探针等。
定位标记控制探针
 
矩阵校准标记 (GAM,Grid Alignment Mark) 主要是用来辅助芯片及扫描的定位。在CytoOneArray® 中,共包含 3 种矩阵校准标记探,合计 108 个探针数 , 用来进行芯片的定位校正。
 
扫描强度参考探针
扫描强度参考探针是两组具有浓度梯度特性的探针,主要的功能是利用探针浓度与讯号荧光强度相对应的关系,用来调整扫描仪的条件设定。此两组探针分别以 Cy3 及 Cy5 进行预标记, 不需要经过杂交反应就可以产生 532 nm (Cy3) 或 635 nm (Cy5) 的激发,每一组个包含 8 个浓度梯度,每一浓度的代表探针有 3~6 重复。
 
阳性探针
芯片实验可利用阳性探针(Positive Control)的设计,以监测样品备制备过程中样品 DNA 的标记及杂交效率等。因此,CytoOneArray®芯片的针设计上,加入一组内部阳性控制探针(PH_pc_0000029),此探针混合了上百个来自autosome的序列,可规划作为监控实验流程的内源性探针。
阴性探针
芯片实验的设计上,常需要利用阴性探针(Negative Control)的设计来监测或确认实验的流程。因此,在CytoOneArray® 芯片的针设计上,包含 76 种阴性探针(PH_cc 开头的探针),合计 228 个探针数 ,可规划作为监控实验流程的外源性探针。

探针设计

辨识能力
正确辨识染色体拷贝数变异为侦测染色体片段微缺失与微扩增的重要性能指针。以男性和女性染色体为测试样品,观察其X chromosome的平均测量值,实验结果显示CytoOneArray®具有高度的辨识能力。

正确辨识染色体拷贝数变异为侦测染色体片段微缺失与微扩增的重要性能指针。以Promega male genomic DNA 与Promega female genomic DNA 为测试样品,观察其X chromosome 的平均测量值,实验结果显示 CytoOneArray® 具有高度的辨识能力。

辨识能力
下图以 Promega male genomic DNA 与 Promega female genomic DNA 为测试样品,各取 1.5 μg 的 gDNA 样品以 BioPrime® Array CGH Genomic Labeling Kit 进行扩增与荧光标定反应,再将 gDNA 样品震碎成小片段后,两样品同时杂交于每一芯片上,进行芯片的测试,结果有显著差异时以颜色表示,缺失片段以红色表示、扩增片段以蓝色表示。下图以男性对女性(性染色体 XY 比对XX)呈现, X 染色体的log2平均讯号为 -0.9 接近理论数值 -1 ,即男性 X 染色体的数量为女性的 ½。

 

芯片再现性
芯片实验数据的再现性是非常重要的芯片质量指针。以实际临床样品进行Array-to-Array的测试,实验结果显示CytoOneArray®具有绝佳的再现性。

芯片实验数据的再现是非常重要的芯片质量指针。华联 OneArray® 的芯片产品皆通过严格的芯片再现性测试,以确保芯片的质量。华联技术团队以实际临床样品,进行 Array-to-Array 测试,藉由统计在该疾病区段发生变异与否,验证芯片的再现性。

芯片再现性
以 Promega male genomic DNA 与 Promega female genomic DNA 为样品,各取 1.5 μg 的 gDNA 样品以 BioPrime® Array CGH Genomic Labeling Kit 进行扩增与荧光标定反应,再将 gDNA 样品震碎成小片段后,两样品同时杂交于每一芯片上,进行芯片的测试。两次芯片结果比值的相关系数 R 高达 0.96 (左下图)。

以 WAGRO syndrome case (OMIM# 612469) Cytoband: 11p13 样品与同性别之控制样品,进行 5 次芯片的测试。在同一样品中,5 片不同芯片均显示相同位置的染色体缺失,且大小皆为 1.35 Mb (右下图)。

送样标准
DNA 样品质量对于检测有关键性的影响,为了避免重新送样造成流程的延宕,建议您于送样前,请务必先进行简易的样品定量定性分析,例如样品纯度测试(OD260、OD280、OD230、OD260/OD280、OD260/OD230)、电泳等,以确认DNA样品基本的质量及量。
检测样品类型及 DNA 样品标准

DNA 质量要求

 

 

 

 

OD260/280

OD260/OD230

DNA Integrity

≧ 1.7

≧ 1.8

Check by gel
electrophoresis

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