探针设计
辨识能力
正确辨识染色体拷贝数变异为侦测染色体片段微缺失与微扩增的重要性能指针。以男性和女性染色体为测试样品,观察其X chromosome的平均测量值,实验结果显示CytoOneArray®具有高度的辨识能力。
正确辨识染色体拷贝数变异为侦测染色体片段微缺失与微扩增的重要性能指针。以Promega male genomic DNA 与Promega female genomic DNA 为测试样品,观察其X chromosome 的平均测量值,实验结果显示 CytoOneArray® 具有高度的辨识能力。
辨识能力
下图以 Promega male genomic DNA 与 Promega female genomic DNA 为测试样品,各取 1.5 μg 的 gDNA 样品以 BioPrime® Array CGH Genomic Labeling Kit 进行扩增与荧光标定反应,再将 gDNA 样品震碎成小片段后,两样品同时杂交于每一芯片上,进行芯片的测试,结果有显著差异时以颜色表示,缺失片段以红色表示、扩增片段以蓝色表示。下图以男性对女性(性染色体 XY 比对XX)呈现, X 染色体的log2平均讯号为 -0.9 接近理论数值 -1 ,即男性 X 染色体的数量为女性的 ½。
芯片再现性
芯片实验数据的再现性是非常重要的芯片质量指针。以实际临床样品进行Array-to-Array的测试,实验结果显示CytoOneArray®具有绝佳的再现性。
芯片实验数据的再现是非常重要的芯片质量指针。华联 OneArray® 的芯片产品皆通过严格的芯片再现性测试,以确保芯片的质量。华联技术团队以实际临床样品,进行 Array-to-Array 测试,藉由统计在该疾病区段发生变异与否,验证芯片的再现性。
芯片再现性
以 Promega male genomic DNA 与 Promega female genomic DNA 为样品,各取 1.5 μg 的 gDNA 样品以 BioPrime® Array CGH Genomic Labeling Kit 进行扩增与荧光标定反应,再将 gDNA 样品震碎成小片段后,两样品同时杂交于每一芯片上,进行芯片的测试。两次芯片结果比值的相关系数 R 高达 0.96 (左下图)。
以 WAGRO syndrome case (OMIM# 612469) Cytoband: 11p13 样品与同性别之控制样品,进行 5 次芯片的测试。在同一样品中,5 片不同芯片均显示相同位置的染色体缺失,且大小皆为 1.35 Mb (右下图)。
送样标准
DNA 样品质量对于检测有关键性的影响,为了避免重新送样造成流程的延宕,建议您于送样前,请务必先进行简易的样品定量定性分析,例如样品纯度测试(OD260、OD280、OD230、OD260/OD280、OD260/OD230)、电泳等,以确认DNA样品基本的质量及量。
检测样品类型及 DNA 样品标准
DNA 质量要求
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OD260/280 |
OD260/OD230 |
DNA Integrity |
≧ 1.7 |
≧ 1.8 |
Check by gel
electrophoresis |
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